Jätevesi virtaa vapaasti neutralointikaivon läpi pH-arvon ollessa asetettujen raja-arvojen sisällä. pH-arvon muuttuessa siten, että raja-arvo ylittyy tai alittuu, sulkeutuu lähtevän viemärin venttiili ja vettä alkaa kertyä kaivoon ja sekoitin sekä liuossyöttö käynnistyvät. Kaivon tullessa täyteen ja pH-arvon ollessa sallittujen rajojen sisällä, avautuu sulkuventtiili ja neste johdetaan viemäriin. Sulkuventtiili jää auki, mikäli kaivoon tulevan nesteen pH-arvo ei edellytä neutraloinnin aloittamista. Järjestelmän toimintaa ohjataan pH-automatiikan ja SET-pintakytkimien avulla.
